東華壽豐校區占地約 249.5 公頃，仍保留大面積次生雜木林。自2011年起，壽豐校區由校園環境中心定期舉行校園生物多樣性調查，包含維管束植物、昆蟲、鳥類、兩棲爬蟲、哺乳類以及校園樹苗死亡率調查等生物資源共計163科522種。包含第I級瀕臨絕種野生動物如柴棺龜(Mauremys mutica)、食蛇龜(Cuora flavomarginata)等共2種；第II級珍貴稀有保育類野生動物麝香貓(Viverricula indica)、小鵪鶉(Synoicus chinensis)、鳳頭蒼鷹(Accipiter trivirgatus)、東方蜂鷹(Pernis ptilorhynchus)、大冠鷲(Spilornis cheela)、紅隼(Falco tinnunculus)、遊隼(Falco peregrinus)、領角鴞(Otus lettia)、鵂鶹(Taenioptynx brodiei)、褐鷹鴞(Ninox japonica)、黃嘴角鴞(Otus spilocephalus)、環頸雉(Phasianus colchicus)、紫綬帶(Terpsiphone atrocaudata)、朱鸝(Oriolus traillii)、八色鳥(Pitta nympha)、烏頭翁(Pycnonotus taivanus)、八哥(Acridotheres cristatellus)、臺灣畫眉(Garrulax taewanus)、紅頭綠鳩(Treron formosae)、鎖蛇(Daboia siamensis)等共19種；第III級其他應予保育之野生動物如食蟹獴(Urva urva)、白尾鴝(Myiomela leucura)、紅尾伯勞(Lanius cristatus)、燕鴴(Glareola maldivarum)、黑頭文鳥(Lonchura atricapilla)、黑眉錦蛇(Elaphe taeniura)、草花蛇(Fowlea flavipunctatus)、福建金線蛙(Pelophylax fukienensis)等共8種。美崙校區占地約 12 公頃，兩個校區的生態環境略有差異，2023 年 11 月經民眾通報，發現臺灣狐蝠(Pteropus dasymallus)（I級保育類）棲息於校園內的棕梠樹上。為保護花蓮這片「臺灣後花園」的自然寶藏不受破壞，我們不僅推動氣候行動及執行各項節能減碳措施、壽豐校區維繫 1/3 校區為次生雜木林，更透過定期舉辦學生服務學習計畫，讓學生參與調查、監測校園物種，了解物種在校園內的分布。並舉行移除校區內的外來種沙氏變色蜥(Anolis sagrei)，監測原生種及外來種的消長，使校園成為學生接觸環境教育以及學習之最佳場所，並期待從校園向外慢慢擴散對生物多樣性及生態保育之關注，落實東華 2030 永續發展願景藍圖。